Trường THCS Bình Khánh được thành lập từ năm học 2001-2002 khi tách ra từ Trường cấp II – III Bình Khánh. Trường THCS Bình Khánh tọa lạc trên một khuôn viên khá đẹp tại Ấp Bình An, Xã Bình Khánh, Huyện Cần Giờ, TP.Hồ Chí Minh, với diện tích trên 16 ngàn m2. Hiện nay, trường THCS Bình Khánh có 28 lớp với 1.300 học sinh, cơ sở vật chất trường tương đối đầy đủ. Đặc biệt phòng Thư viện khang trang sạch đẹp được dự án Samsung trao tặng “ Thư viện thông minh” cuối tháng 11 năm 2012. Thư viện có vai trò vô cùng quan trọng trong nhà trường, là nơi tuyên truyền chính sách của Đảng và nhà nước, xây dựng thế giới quan khoa học, giáo dục toàn diện cho học sinh trường THCS Bình Khánh nếp sống văn minh. Từ đó làm phong phú thêm kiến thức cho học sinh, góp phần phát triển văn hóa đọc trong nhà trường. Thư viện cũng được Sở Giáo dục Thành Phố Hồ Chí Minh công nhận thư viện xuất sắc nhiều năm liền. Là một trường lớn nhất của khối THCS trong Huyện có bề dày thành tích rất cao, trường THCS Bình Khánh không ngừng phát triển cả về số lượng và chất lượng, được sự chấp thuận của Lãnh Đạo TP.Hồ Chí Minh, UBND Huyện Cần Giờ, tháng 6 năm 2013 Trường đã chính thức được khởi công mở rộng nâng cấp để đạt chuẩn quốc gia về cơ sở vật chất trong hai năm tới. Đây sẽ là điều kiện thuận lợi để thầy và trò trường THCS Bình Khánh phát huy hơn nữa những thành tích đã đạt được trong nhiều năm qua.